In Delta Dunãrii vietuiesc 98% din fauna acvaticã europeanã, întreaga faunã de odonate, de lepidoptere acvatice si de moluste gasteropode de Europa si tot aici îsi gãsesc refugiul mamifere rare cum sunt Mustela lutreola, Lutra lutra si Felis silvestris. Vertebratele care,
prin prezenta lor, dau nota specificã faunei deltei. Amfibienii sunt reprezentati prin 2 specii de caudate si 6 specii de anure, iar reptilele prin 8 specii, majoritatea serpi (4 specii).

Sunt prezente 65 specii de pesti, cei mai multi de apã dulce (60%), restul migrând primãvara din Marea Neagrã. Intre acestia din urmã, sturionii si scrumbiile au rol important, atât stiintific, cât si economic.

Renumele Deltei Dunarii se datoreazã celor 327 specii pe care le putem întâlni în deltã si care reprezintã 81% din avifauna României. Dintre acestea cuibãresc 218 specii, restul de 109 specii trecând prin deltã si rãmânând diferite perioade de timp toamna, iarna si primãvara. Pãsãrile acvatice sunt cele mai numeroase: cuibãresc 81 specii si trec prin deltã 60 specii, în total 141 specii, ceea ce reprezintã 82% din avifauna acvaticã europeanã.

Nucleul avifaunei este format din 75 specii a cãror viatã este legatã de prezenta apei. Acestea se grupeazã în 5 tipuri ecologice principale : specii strâns legate de apã, strict stenotope (cufundari, corcodei, furtunari, pelicani, cormorani, unele anatide), specii de stufãrii (toate speciile de paseriforme acvatice), specii de tãrmuri (stârci, lopãtari, tigãnusi, unele anatide), specii de pajisti hidrofile cu vegetatie bogatã continuate cu stufãrii (ralide), specii de tãrmuri marine (unele laride).

Multe specii, mai ales dintre rate, gâste, pescãrusi, apar frecvent în diferiti biotopi. Speciile accesorii sunt cele care se integreazã secundar în avifauna acvaticã, devenind din ce în ce mai numeroase pe mãsura transformãrii ecosistemelor acvatice. Zãvoaiele sunt populate de silvii, muscari, filomele, pitigoi, cinteze, la care se adaugã, în timpul cuibãritului, rate, cormorani si stârci.

In pãdurile de pe câmpurile marine Letea si Caraorman cuibãresc 64 specii tipice avifaunei pãdurilor nemorale (silvii, mierle, ciocãnitori, mãcãleandru, pitigoi, graur, precum si codalbul (Haliaetus albicilla), gaia brunã, acvila piticã, vulturul pescar etc. Fazanul (Phasianus colchicus) a fost introdus prin colonizare populatia dezvoltându-se rapid. In pajistile de stepã nisipoasã sunt specifice potârnichea, prepelita, cicârliile, pasãrea ogorului (Burchinus oedicnemus).

In satele deltei, pe lângã gospodãrii, sunt frecvente gugustiucul, vrabia de casã, rândunica, barza, lãstunul.

Coloniile de cuibãrit

Coloniile de cuibãrit au reprezentat dintodeauna atractia deltei.O serie de specii acvatice se asociazã în timpul cuibãritului formând colonii care sunt aglomerãri de cuiburi pe spatii, în general mici. Cauzele asocierii sunt legate de penuria suprafetelor de constructie a cuiburilor, precum si de avantajele oferite de prezenta unui numãr mare de pãsãri în apãrarea cuiburilor cu ouã sau pui. Ecosistemul virgin de interventia umana contituie un rai nu numai al ornitologilor, dar si al oricãrui iubitoar al naturii.

Dintre tipurile de colonii specifice deltei se numara stârci, lopãtari, tigãnusi si cormorani, pelicani si cormorani, pescãrusi, avoazete si ciocântorsi, chirighite, chire. Colonia de pelicani din zona cu regim de protectie integralã Rosca-Buhaiova este cea mai mare din Europa si este un exemplu de colonie mixtã*. Aici se asociazã mai multe mii de perechi de pelican comun, cu zeci, pãnã la sute de perechi de pelican cret si cormoran mare. Accesul în apropierea coloniilor este permis numai specialistilor, care au autorizatii speciale obtinute de la ARBDD din Tulcea.